突如、地表に姿を現した未知の生命体「アラガミ」。
あらゆるものを喰らい破壊し尽くす絶対の捕喰者を前に、ヒトは為す術無くその生息圏を奪われていった。絶望的な状況の中、生化学企業「フェンリル」はアラガミの細胞を組み込んだ生体兵器「神機」の開発に成功、これを操る戦闘部隊「ゴッドイーター」 を編成した。
こうして人類は、滅亡の一歩手前でアラガミへの唯一の対抗手段を獲得した。

そして2071年、強力なアラガミの出没地帯であるフェンリル極東支部では、人類安息の地を作る「エイジス計画」が強力に推進されていた。
極東支部の第一部隊に配属された「新型神機」の適合者である主人公は、計画の裏に隠された真実を
目の当たりにするのだった。

地球全体を巻き込む未曽有の危機をどうにか乗り越えた極東支部第一部隊。
アラガミを討伐する多忙な日々を過ごす中、戦死したと思われていたかつての第一部隊リーダー、リンドウが生存している可能性が浮上する。

新たに加わったゴッドイーター、レンと共にリンドウの捜索を進めていく主人公。
その過程で、主人公たちはゴッドイーターの「アラガミ化」という過酷な現実と向き合うことになる。

極東支部において再び恐るべき脅威が誕生する。
「第二のノヴァ」と呼ばれるその存在は他のアラガミを捕喰し、驚異的な進化を遂げ、次第に神機に対して高い耐性を持つようになる。
第二のノヴァの討伐にあたる第一部隊だったが、全く歯が立たず逆に窮地に追い込まれる。

主人公が絶体絶命の危機に陥ったそのとき、そこには居ないはずの人物が姿を現す。

2074年。極東周辺において「赤い雨」と呼ばれる異常気象が観測されるようになる。
赤い雨を浴びた人間は「黒蛛病」という不治の病に侵され、徐々に衰弱しやがて死に至る。
さらに、既存のゴッドイーターでは対峙することすら難しい新種のアラガミ「感応種」の発生により、人類とアラガミの生存競争はさらに過酷さを増していた。

時を同じくして、フェンリル本部直轄支部である「極致化技術開発局」において、特殊部隊「ブラッド」が本格始動する。
「血の力」をその身に秘め、あまねくゴッドイーターたちを導く存在として結成されたブラッド。
その適合者となった主人公は、部隊長であるジュリウスを始めとしたブラッドの仲間たちと絆を深めあい、やがて部隊は大きく躍進する。
すべてが順調かに思えたが、ある事件をきっかけに、彼らブラッドにまつわる大きな陰謀が渦巻いていたことを知る。

ブラッドの尽力、そして仲間の犠牲により最悪の事態はどうにか回避された。
その証として極東には「螺旋の樹」が残されたが、事態の収拾を図ろうとするフェンリル本部より情報管理局が派遣され、螺旋の樹の調査に乗り出す。
極東支部と情報管理局の間で多少の軋轢を生みながらも何とか調査は進行していたが、ある瞬間をもって螺旋の樹で大きな異変が生じ、極めて不安定かつ危険な状態に陥ってしまう。

ブラッドは仲間の意志を守るべく、情報管理局の構成員であるリヴィを部隊に迎えて螺旋の樹頂上を目指す。

2076年。極東支部からヒマラヤ支部へ赴任した新人ゴッドイーターの主人公は、初任務として廃棄された研究施設の調査に赴く。
調査の最中、突如未知のアラガミの襲撃に遭い自身の神機を喪失。
最後の手段として施設内に残された神機を手に取るも、神機を制御することは叶わず同行していたマリアが神機に捕喰されてしまう。
窮地に陥った主人公の目前に白衣の少女が現れ、荒ぶる神機を鎮め戦う力を与えた。

謎に包まれた神機の覚醒、そして主人公だけがその姿を確認することができる白衣の少女。
この日を境にヒマラヤ支部周辺では大規模なアラガミの群れや、共食いにより巨大化した個体、さらには高度な思考能力を有する新種が出現。
相次ぐ異常事態に危険地帯と化すヒマラヤ支部で、主人公は形見の神機を手に戦うこととなる。

西暦2078年。人類が未だ減衰の一途を辿るなか、フェンリル本部は全支部を巻き込んだ、世界規模の反抗作戦を発令した。
世界中から歴戦のゴッドイーターたちが招へいされるなか、本部に配属された新人ゴッドイーターの主人公は、「ディバイダ―システム」の試験運用に加わり、その過程で反抗作戦のメンバーに選抜されることとなる。

反抗作戦の第一歩 として、作戦の要であるディバイダ―システムの基幹装置、「ノア０」の回収指令が下る。
様々な思惑が交錯するなか、神々に奪われた人類の尊厳を取り戻すための戦いが、幕を開ける。

ある時、未知の厄災「灰域」が世界各地にて発生。
空気中を漂う「灰域」は発生直後よりその領域を拡大し続け、接触する全ての構造物を喰らい、灰へと変えていった。

フェンリル各支部は「灰域」の侵攻に為す術なく、フェンリルによる統治体制は程なくして崩壊した。

「灰域」はなおも拡大の一途を辿っている。

辛うじて生き存えた人々は各地で地下拠点「ミナト」を建造、同時に「灰域」内の渡航を目的とした「キャラバン」を組織し、さらには「対抗適応型ゴッドイーター」という兵士を造り出すことで地表を覆う脅威に抗い続けていた。